Als gevolg van de Afscheiding in 1834 werd op 27 september 1835 in het 
dorp Thesinge de eerste Christelijke Afgescheiden Gereformeerde gemeente geïnstitueerd door het instellen van de ambten. Deze instelling gebeurde in een dienst geleid door Ds. Hendrik de Cock en werd gehouden in een boerenschuur aan de Lageweg op de boerderij van de familie Dijk.
In 1892 ging deze gemeente mee met de kerken voortgekomen uit de Doleantie. Deze verenigde kerken kregen de naam Gereformeerde Kerken.
Door moeilijkheden in de plaatselijke Gereformeerde kerk ontstond er in 1940 wederom een Christelijke Gereformeerde Kerk. Zo werden op 9 mei 1940 wederom in een boerenschuur de ambten ingesteld. De dienst werd geleid door ds. K.G. van Smeden.
Door onder meer problemen binnen de Gereformeerde Kerk Synodaal van Middelstum en later ook binnen de Gereformeerde Kerken Vrijgemaakt, ontstond er vanaf 1988 een explosieve groei binnen de gemeente Thesinge. De kerkenraad van Thesinge nam daarom de beslissing de 13e-eeuwse dorpskerk van Westerwijtwerd te huren van de Stichting Oude Groninger Kerken, waardoor de wijkgemeente Westerwijtwerd ontstond. De eerste dienst werd gehouden op 2 oktober 1988.
De opvolgende jaren groeide de gemeente dusdanig snel dat men steeds vaker te maken kreeg met ruimtegebrek. In 2004 werd de kerkenraad van Thesinge/Westerwijtwerd het kerkgebouw van de Gereformeerde Kerk van Kantens te koop aangeboden. Door genoemd ruimtegebrek en het beleid zich evangeliserend meer te willen richten op het noorden werd na onderhandelingen van ruim anderhalf jaar op 15 november 2005 de officiële koopakte getekend.
Dientengevolge werd op 27 november 2005 na ruim 17 jaren symbolisch afscheid genomen van het kerkgebouw in Westerwijtwerd door de kanselbijbel te sluiten en samen met het avondmaalsstel de kerk uit te dragen. Op 4 december 2005 werd de eerste dienst gehouden in het kerkgebouw van Kantens.
Op 7 november 2006 viel het besluit tot instelling van een kerkenraad te Kantens conform artikel 38 Kerkorde wat betekende dat de wijk Kantens niet meer onder de gemeente Thesinge viel, maar als zelfstandige gemeente verderging.
Zondag 11 maart 2007 werd onder grote belangstelling de institueringsdienst gehouden onder leiding van ds. M.P. Hofland waarin de ouderlingen en diakenen werden bevestigd. Tevens werd in deze dienst ds. P.C. de Lange bevestigd als predikant van de nieuwe gemeente.
De Christelijke Gereformeerde Kerk van Kantens behoort tot het landelijk verband van die kerken met dezelfde naam. De kerken hebben hun opleidingsinstituut in de Theologische Universiteit te Apeldoorn.
Om in de gemeente van Christus naar de vereiste orde te leven, vindt toepassing plaats van de vigerende kerkorde van de Christelijke Gereformeerde Kerken in Nederland en gewijzigd door de synoden der kerk.